นายปรีดี พนมยงค์ ได้เตือนให้บรรดาผู้เข้าร่วมในองค์การต่อต้านญี่ปุ่นหรือขบวนการเสรีไทย ตั้งแต่แรกเริ่มการก่อตั้งว่า ทุกคนจะต้องรักษาความลับและมีวินัยอย่างเคร่งครัดที่สุด โดยจะต้องระลึกเสมอว่าญี่ปุ่นกำลังยึดครองประเทศไทยและมีอำนาจและอิทธิพลเหนือรัฐบาลไทย อีกทั้งก็มีหน่วยสืบราชการลับที่เรียกว่า “เคมเปไต” ที่มีอำนาจมาก นอกจากนั้นในระยะแรก ตำรวจและทหารไทยก็ยังมิได้เข้าร่วมในขบวนการเสรีไทย และฝ่ายปกครองก็ยังมิได้เข้าร่วม ดังนั้นสมาชิกเสรีไทยก็มีสิทธิจะได้รับความเดือดร้อนจากเจ้าหน้าที่ฝ่ายไทยด้วยเช่นกัน
ทางญี่ปุ่นก็คงจะพอทราบทัศนคติและจุดยืนของนายปรีดี พนมยงค์ ซึ่งทำให้มีการขัดแย้งต่อผลประโยชน์ของญี่ปุ่นอยู่ตลอดเวลา และก็เข้าใจว่าที่เป็นเช่นนี้เพราะนายปรีดีมีจิตใจเอนเอียงเข้าข้างอังกฤษ-อเมริกา นอกจากนายปรีดีแล้วก็มีนายวิลาศ โอสถานนท์ ซึ่งเป็นรัฐมนตรีอีกนายหนึ่งที่ญี่ปุ่นแสดงความรังเกียจ ซึ่งอาจจะเป็นเพราะนายวิลาศขณะนั้นเป็นบุตรเขยของสกุลที่เกี่ยวข้องกับจีนคณะชาติที่เป็นศัตรูของญี่ปุ่นก็ได้ ญี่ปุ่นได้สื่อความคิดเห็นในเรื่องของนายปรีดีและนายวิลาศผ่านไปถึงจอมพล ป. พิบูลสงคราม ซึ่งในกรณีของนายปรีดีนั้น ญี่ปุ่นต้องการให้พ้นไปจากคณะรัฐมนตรี โดยเสนอว่าควรแต่งตั้งให้เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ทั้งนี้อาจจะเป็นเพราะญี่ปุ่นทราบว่า นายปรีดีมีอิทธิพลและมีผู้นับถือศรัทธาอยู่มาก จึงไม่ประสงค์ที่จะทำสิ่งใดอันกระทบกระเทือนสัมพันธไมตรีกับประชาชนคนไทย พล.ต.ต. อดุล อดุลเดชจรัส หรือ หลวงอดุลเดชจรัส รองนายกรัฐมนตรี ได้เป็นผู้ประสานกับนายปรีดีในเรื่องนี้ และเมื่อไม่มีข้อขัดข้องแล้ว จอมพล ป. พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรี ก็ได้เสนอขอความเห็นชอบจากสภาผู้แทนราษฎรในการแต่งตั้งนายปรีดี พนมยงค์ เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ในตำแหน่งที่ว่างอยู่ และสภาผู้แทนฯ ก็ให้ความเห็นชอบเมื่อวันที่ 16 ธันวาคม 2484 ซึ่งนายปรีดี พนมยงค์ ก็ได้ลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังในวันเดียวกัน อย่างไรก็ตาม แม้จะพ้นจากตำแหน่งหน้าที่ในทางการเมืองไปอยู่ในฐานะเหนือการเมือง นายปรีดีก็ยังสามารถใช้การเปลี่ยนแปลงในฐานะให้เป็นประโยชน์ต่องานเสรีไทยได้อย่างมีประสิทธิผล
ในเบื้องแรก นายปรีดีได้ซักซ้อมความเข้าใจกับจอมพล ป. พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรี และหลวงอดุลเดชจรัส รองนายกฯ ว่า นายปรีดีจะยังคงดำรงตำแหน่งผู้ประศาสน์การมหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์และการเมืองต่อไป เพราะตำแหน่งดังกล่าวมิใช่ตำแหน่งการเมือง อีกทั้งก็ได้รับตำแหน่งนี้ด้วยความเห็นชอบของสภาผู้แทนราษฎรตามกฎหมายของมหาวิทยาลัยดังกล่าว เมื่อได้ซักซ้อมความเข้าใจเป็นที่เรียบร้อยแล้ว นายปรีดีก็ได้ใช้มหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์ฯ เป็นที่ตั้งกองบัญชาการต่อต้านญี่ปุ่น ที่ในภายหลังเมื่อได้ร่วมเป็นขบวนการเดียวกับเสรีไทยนอกประเทศแล้ว ก็เรียกว่าขบวนการเสรีไทย
ภายหลังที่รัฐบาลไทยกับญี่ปุ่นได้ตกลงทำกติกาสัญญาเป็นพันธมิตรร่วมมือกันทางทหารและในด้านอื่น ๆ แล้ว รัฐบาลไทยก็เตรียมการที่จะควบคุมตัวคนสัญชาติอังกฤษ อเมริกัน และคนของชาติฝ่ายสัมพันธมิตรอื่น ๆ ไว้ในค่ายกักกันเสมือนเป็นชนชาติศัตรู ทั้งนี้เพราะหากไม่กระทำเช่นนั้น ทางญี่ปุ่นก็จะดำเนินการเอง พล.ต.ต. อดุล อดุลเดชจรัส รองนายกฯ และอธิบดีกรมตำรวจ ได้รับมอบหมายให้เป็นผู้รับผิดชอบในเรื่องนี้ หลวงอดุลฯ ได้มาพบนายปรีดีเพื่อขอแบ่งส่วนหนึ่งของมหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์ฯ ทำเป็นค่ายกักกันชาวต่างประเทศเหล่านั้น โดยขอให้ทางมหาวิทยาลัยช่วยจัดเจ้าหน้าที่ของมหาวิทยาลัยเป็นผู้ดูแลค่ายกักกันนี้ด้วย ส่วนทางทหารนั้น ได้ตั้งให้ พ.อ. เพิ่ม มหานนท์ เป็นผู้บังคับการค่าย และ พ.ต. ม.ร.ว. พงศ์พรหม จักรพันธุ์ นายทหารกองหนุน อดีตนักเรียนนายร้อยแซนด์เฮิรสต์ซึ่งรับราชการเป็นนายตรวจศุลกากร เป็นรองผู้บังคับการค่าย
นายปรีดี พนมยงค์ ในฐานะผู้ประศาสน์การมหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์ฯ ได้ตกลงรับข้อเสนอของรองนายกฯ เพราะเห็นว่าคนสัญชาติอังกฤษและอเมริกันในประเทศไทยจะรอดพ้นจากการจับกุมและการควบคุมตัวของญี่ปุ่น และที่สำคัญก็คือ การช่วยเหลือคนสัญชาติสัมพันธมิตรจะทำให้ฝ่ายสัมพันธมิตรมีความรู้สึกที่ดีต่อไทย และจะผ่อนหนักผ่อนเบาให้แก่ประเทศไทยถ้าหากสัมพันธมิตรเป็นฝ่ายชนะสงคราม นายปรีดีได้มอบหมายให้นายวิจิตร ลุลิตานนท์ เลขาธิการมหาวิทยาลัย ซึ่งทำหน้าที่เป็นเลขาธิการของกองบัญชาการเสรีไทย เป็นหัวหน้าเจ้าหน้าที่ดูแลความเป็นอยู่ของผู้ถูกกักกันให้ได้รับความสะดวกสบายและปลอดภัยจากญี่ปุ่น ซึ่งนายวิจิตรก็ได้ปฏิบัติการตามที่ได้รับมอบหมายอย่างดียิ่ง
การณ์ได้เป็นความจริงอย่างที่นายปรีดีได้คาดไว้ การช่วยเหลือเกื้อกูลแก่คนสัญชาติสัมพันธมิตรในประเทศไทยให้มีความปลอดภัยและมีความเป็นอยู่ที่ดีในค่ายกักกัน ได้เป็นเหตุผลที่สำคัญประการหนึ่งที่นำไปสู่การตัดสินใจของฝ่ายสัมพันธมิตรในการแนะนำให้นายปรีดี พนมยงค์ ในฐานะผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ประกาศสันติภาพเมื่อวันที่ 16 สิงหาคม 2488 ซึ่งปลดเปลื้องพันธนาการแห่งการเป็นประเทศผู้แพ้สงคราม การต้องยอมจำนน การต้องวางอาวุธ และการที่จะต้องถูกยึดครองภายหลังสงคราม
จอมพลเรือ ลอร์ด หลุยส์ เมานท์แบตเทน ได้ให้สัมภาษณ์แก่หนังสือพิมพ์ ไทมส์ ภายหลังสงครามเมื่อปลายปี 2489 ขณะที่นายปรีดี พนมยงค์ กำลังเยือนกรุงลอนดอนว่า
ข้าพเจ้าทราบดีว่ามีบุคคลจำนวนมากที่เคยตกเป็นเชลยศึกในสยามซึ่งมีเหตุผลที่ดีในอันที่จะรู้สึกกตัญญูรู้คุณต่อความปรารถนาดีที่คุณหลวงประดิษฐฯ (นายปรีดี) มีต่อพวกเรา ดังนั้นจึงขอให้พวกเราให้การสดุดีแก่บุคคลผู้นี้ในฐานะที่เขาได้บำเพ็ญประโยชน์อย่างสูงต่ออุดมการณ์ของฝ่ายสัมพันธมิตรและต่อประเทศชาติของเขาเอง…
นอกจากนั้นในหนังสือของสโมสรกองกำลังพิเศษของอังกฤษ ซึ่งสมาชิกเป็นอดีตนายทหารอังกฤษที่เคยปฏิบัติงานในกองกำลังพิเศษระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 นายกสโมสรได้มีหนังสือลงวันที่ 17 ธันวาคม 2513 เชิญนายปรีดี พนมยงค์ เป็นสมาชิกกิตติมศักดิ์ มีข้อความตอนหนึ่งว่า
…การเชื้อเชิญของเราเป็นเครื่องแสดงการยอมรับนับถือและความประทับใจอย่างสูงของพวกเราในบทบาทที่สูงส่งของ ฯพณฯ ในการส่งเสริมและสนับสนุนขบวนการต่อต้าน ซึ่งในยามที่ตกอยู่ในอันตรายและเสี่ยงภัยนั้น เป็นกรณียกิจที่ได้บำเพ็ญต่อประเทศของเราทั้งสอง
เหล่านี้พอจะเป็นประจักษ์พยานว่าบทบาทของนายปรีดี พนมยงค์ เอง ทั้งในด้านการให้ความอนุเคราะห์ช่วยเหลือบรรดาเชลยศึกสัมพันธมิตร และในด้านความอุตสาหวิริยะในการดำเนินงานเสรีไทยโดยร่วมมือกับฝ่ายสัมพันธมิตร ซึ่งเป็นงานที่มีอันตรายอย่างยิ่ง ได้ประทับใจบุคลากรหลายฝ่ายในด้านสัมพันธมิตรซึ่งมีผลทำให้เป็นผลดีอย่างยิ่งต่อสถานภาพของประเทศไทยภายหลังสงคราม
การประกาศสงครามต่ออังกฤษและสหรัฐอเมริกาเมื่อวันที่ 25 มกราคม 2485 ซึ่งได้ปฏิบัติไปโดยจอมพล ป. พิบูลสงคราม ได้ก่อให้เกิดความวิตกกังวลแก่นายปรีดี พนมยงค์ ผู้ซึ่งมีความมั่นใจมาตั้งแต่เริ่มสงครามว่าญี่ปุ่นจะต้องเป็นฝ่ายแพ้และอังกฤษ-อเมริกาจะเป็นฝ่ายชนะสงคราม การอนุญาตให้ญี่ปุ่นเดินทัพผ่านไทยไปโจมตีดินแดนของอังกฤษ แม้นจะมีเหตุผลที่จะอธิบายได้ ก็เป็นการเสื่อมเกียรติภูมิของชาติอยู่มากแล้ว ต่อมารัฐบาลไทยได้ลงนามในกติกาสัญญาพันธมิตรกับญี่ปุ่น ก็ทำให้มีการผูกมัดไทยกับญี่ปุ่นมากขึ้น ในที่สุดไทยก็ได้ประกาศสงครามต่ออังกฤษและสหรัฐฯ ซึ่งทำให้บรรดาสมาชิกองค์การต่อต้านหรือขบวนการเสรีไทยเพิ่มความวิตกกังวลในฐานะของประเทศไทยภายหลังสงครามยิ่งขึ้นว่าโอกาสที่ประเทศไทยจะรอดพ้นจากการเป็นผู้แพ้สงครามมีน้อยลง
